Marijampolės marijonų vienuolyno istorija prasideda XVIII a. viduryje.
Grafienė Pranciška Ščiukaitė-Butlierienė besirūpindama savo ir pavaldinių dvasiniais reikalais dėjo visas pastangas, kad jos valdose atsirastų nauji maldos namai ir vienuolynas. Kunigaikščio Mykolo Čertoryskio rūmų kapelionas Benediktas Hoeningas patarė grafienei kreiptis į Lenkijos marijonų vienuolijos generolą Kazimierą Višinskį (Wyszinsky). Pastarasis žinodamas jos ketinimus ir ypatingą dosnumą 1750 m. balandį pasiuntė pirmąjį vienuolį čeką Adalbertą Vaitiekų Strachą, kuris apsigyveno Kvietiškyje, name prie medinės dvaro koplyčios. 1752-08-26 atvyko antrasis vienuolis Hiacintas Vasilevskis, kuriam buvo patikėta bažnyčios ir vienuolyno statyba. Marijonai kūrėsi Šešupės ir Javonio upelio santakoje, prie Starapolės miestelio. 1751 m. gruodžio mėn. marijonų generolo K. Višinskio dienoraštyje pirmą kartą paminėtas Marijampolės vardas.
1758-08-17 grafienė savo sekretoriui padiktavo fundacijos aktą. Be kitų gėrybių vienuolynui buvo atiduotas žemės plotas tarp Šešupės ir Javonio su teise čia turėti jurisdiką ir kurti savo miestelį. 1758-09-19 buvo konsekruota naujoji Šv. Kryžiaus bažnyčia, kuri buvo pavesta marijonams (spėjama, kad nedidelis medinis vienuolynas galėjo būti pastatytas anksčiau, prieš 1758 m.).
Iš pradžių, kaip nurodyta fundacijos akte, vienuolyne gyveno šeši marijonai. Dosni grafienės P. Butlerienės dotacija leido vienuoliams susikurti tvirtą materialinį pagrindą ir rūpintis ne tik dvasiniais reikalais: XVIII a. pab. – XIX a. pradž. tai buvo nuolat auganti vienuolija išvysčiusi plačią švietėjišką, kultūrinę, socialinę bei ūkinę veiklą Ūžnemunėje ir už jos ribų. Marijonai pirmieji Marijampolėje įsteigė špitolę (ligoninę-prieglaudą) ir pradžios mokyklą. Todėl mažas medinis vienuolyno pastatas jau nebetenkino dvasininkų poreikių, tad 1791 m. buvo pradėtas statyti naujas mūrinis, keturkampis, vieno aukšto namas.
Marijonų vienuolijos augimą sustabdė 1831 m. sukilimas, kuriame tikriausiai dalyvavo ir kai kurie Marijampolės dvasininkai, nors carinės represijos marijonų beveik nepalietė. Visgi padėtis pasikeitė po 1863–1864 m. sukilimo: buvo uždaryti visi Rusijos imperijoje esantys vienuolynai, todėl iš marijonų buvo atimtas beveik visas turtas (buvo paliktos 6 dešimtinės, 270 kvadratinių sieksnių žemės, bažnyčia su šventoriumi, vienuolyno pastatas su pasivaikščiojimo darželiu, špitolė, daržovių sandėlis ir tvartai). Nors į Marijampolės vienuolyną buvo suvežti kitų miestų marijonai, vienuolynas pamažu nyko: buvo panaikinta generolo valdžia, neleidžiama priimti naujokų, vienuoliai išsivažinėjo į parapijas ir vienas po kito keliavo anapilin. Todėl 1904 m. vienuolyne liko tik trys vienuoliai.
Visgi marijonų vienuolijai nebuvo lemta išnykti. 1909-08-29 Varšuvoje, vyskupo Kazimiero Rūškio privačioje koplyčioje Jurgis Matulaitis, paskutinio marijonų vienuolio Vincento Senkaus akivaizdoje, davė marijono įžadus.
Iki XX a. pradž. marijonai dėvėjo baltus abitus. 1911 m. Marijampolėje mirė paskutinis „baltasis“ vienuolis – XXVI senojo įstato Marijonų vienuolijos generolas, Šv. Arkangelo Mykolo bažnyčios klebonas Vincentas Senkus. Po jo mirties, J. Matulaitis tapo šio vienuolyno generolu ir dėl pasikeitusių laikų pakoregavo vienuolijos įstatus, tuomet Fribūre įkūrė slaptą marijonų noviciatą ir 1911–1914 m. jam vadovavo. Naujieji marijonai konspiraciniais sumetimais pasirinko juodos spalvos abitą.
1917 m. vienuoliai grįžo į patalpas Marijampolėje ir toliau sėkmingai vystė savo veiklą: rūpinosi sielovada, kultūra, švietimu, gimnazijos, spaustuvės, dirbtuvių steigimu, vadovavo religinėms brolijoms, katalikų organizacijoms, dėstė mokyklose, aptarnavo Šv. Arkangelo Mykolo parapiją bei Šv. Vincento bažnyčią, rėmė vaikų bei senelių prieglaudas.
1922 m. atsiradus poreikiui buvo gerokai padidintas vienuolyno pastatas – pristatytas antras aukštas ir marijonų vienuolynas įgijo bemaž iki šiol nepakitusį vaizdą. Visgi Antrasis pasaulinis karas marijonams, kaip ir visam miestui, turėjo skaudžių pasekmių – jų veikla buvo sustabdyta, nuosavybė konfiskuota ir suniokota, o patys vienuoliai išsklaidyti. Teko prisiminti senus laikus ir dirbti slaptai.
Po Lietuvos nepriklausomybės atgavimo 1991 m. vienuolyno pastatas buvo sugrąžintas marijonams, 1999–2005m. čia veikė Palaimintojo Jurgio Matulaičio kunigų seminarija. 2011-09-18 atidarytas Palaimintojo arkivyskupo Jurgio Matulaičio muziejus.