1921 m. Švietimo ministerijai leidus, Marijampolėje buvo įsteigta privati, klasikinio tipo Marijonų gimnazija. Pirmaisiais metais buvo sukomplektuota tik viena klasė, kuri glaudėsi vienuolyno patalpose. 1923 m. vienuolyno teritorijoje pastatytas trijų aukštų juvenatas – gimnazija su bendrabučiu.
Ši švietimo įstaiga buvo prilyginta valstybinėms mokykloms, todėl norinčiųjų mokytis Marijonų gimnazijoje netrūko. Čia buvo priimami katalikų tikėjimo berniukai, sulaukę dvylikos metų. 1928 m. gimnazija turėjo 8 klases, kuriose mokėsi nuo 20 iki 30 jaunuolių, o pirmoji abiturientų laida išleista 1929 m.
Pradžioje mokslas buvo nemokamas, tačiau jau nuo 1923 m. už mokslą reikėjo mokėti po 50 litų per metus, po 5 litus už egzaminą ir 35 litus per mėnesį už bendrabutį. Gimnazijos įkūrėjai stengėsi priimti kuo daugiau neturtingų tėvų vaikų, atleisdami juos nuo mokesčio už mokslą. Svarbiausias gimnazijos uždavinys – paruošti jaunuolius aukštajam mokslui ir išsiugdyti kuo daugiau kandidatų marijonų kongregacijai. Ypač daug dėmesio buvo skiriama užsienio kalbų mokymui. Gimnazistai buvo mokomi filosofijos, fizikos, matematikos, gamtos, visuomenės mokslų, istorijos. Jaunuolius nuolat stebėjo mokytojai ir vienuoliai. Jie kreipė dėmesį į mokinių tarpusavio bendravimą, drausmę, stropumą, mandagumą. Gimnazistams specialiai buvo parengtos griežtos taisyklės, kurių privalėjo laikytis.
1940 m., sovietams okupavus Lietuvą, Marijonų gimnazija buvo uždaryta. 1997-10-16 vyskupas Juozas Žemaitis MIC dekretu įsteigė Marijonų mokyklą, o 2000-09-01 duris atvėrė suremontuotas senasis gimnazijos pastatas. 2003 m. mokykla tapo vidurine, joje įvestas profilinis mokymas, nuo 2007 m. įsteigta Marijonų gimnazija, o nuo 2015 m. pradėtos formuoti pradinės klasės.
Marijonų gimnazijos direktoriai:
1. Istorikas kun. dr. Jonas Totoraitis MIC (1921–1937 m.);
2. Kun dr. Juozas Grigaitis MIC (1937–1940 m.);
3. Kun. Remigijus Gaidys MIC (1997–2003 m.);
4. Kun. dr. Vytautas Brilius MIC (2003–2005 m.) ;
5. Valdas Pileckas (2005–2006 m.);
6. Kun. dr. Vytautas Brilius MIC (2006–2011 m.);
7. Rasa Šalaševičienė (2011–2015);
8. Saulius Andriuška (Nuo 2015 m.).