Marijampolės Šv. Arkangelo Mykolo bazilika – svarbiausia Vilkaviškio vyskupijos šventovė.
Pamaldžioji grafienė Pranciška Ščiukaitė-Butlerienė dėjo visas pastangas, kad Kvietiškio dvaro teritorijoje, šalia augančio Starapolės miestelio, atsirastų nauji maldos namai ir vienuolynas. Šią misiją įgyvendinti buvo pavesta marijonų vienuoliams. Tam reikalui buvo išskirtas žemės sklypas tarp Šešupės ir Javonio upelio. Yra išlikusi graži legenda apie tai, kaip buvo parinkta vieta bažnyčios statybai: „ta ponia rinkti vietos bažnyčiai iš Kvietiškio dvaro ėjo, kalbėdama rožančių. Kur ji kalbėjusi „Tėve mūsų“, buvusi pasodinta liepa. Kur ji baigė rožančių, ji pasakiusi, kad čia bus bažnyčia. Kelias, kuriuo ji ėjo, buvo nuo to pramintas Rožančkeliu“.
1750 m. atvyko pirmasis marijonas, 1752-08-26 Kvietiškyje prie koplyčios apsigyveno jau antras vienuolis Hiacintas Vasilevskis, kuris ir ėmėsi bažnyčios bei vienuolyno statybos, taip „įgijęs P. Butlerienės didelę pagarbą ir simpatiją“. Pirmoji medinė bažnyčia baigta statyti 1758 m., jos konsekracijos iškilmės įvyko 1758-09-13. Šventovei buvo suteiktas Šv. Kryžiaus titulas. Išstovėjusi 51 metus bažnyčia sudegė 1809 m. (naktį rugsėjo 5–6 d.). Tą patį rudenį buvo pastatyta laikina medinė patalpa, kurioje pamaldos vyko iki 1818 m. sausio mėn., kol ją sugriovė vėtra.
Mūrinės bažnyčios statyba buvo pavesta marijonų vyresniajam Mykolui Pietariui (1763–1850 m.). 1819 m. iškilo naujųjų maldos namų sienos ir buvo uždengtas stogas. 1819-09-29, Seinų vyskupui leidus, Mykolas Pietaris bažnyčią pašventino savo globėjo Šv. Mykolo Arkangelo vardu. Bažnyčios įrengimo darbai užsitęsė iki 1824 m. (kainavo 37 785 auksinus ir 2 grašius).
Naujoji „Marijampolės bažnyčia, ano meto valdžios manymu, per didelė ir per puiki“ greitai pasidarė per maža, todėl ne kartą plėsta ir rekonstruota. Nuo 1830 m. iki 1878 m. pristatyta presbiterija su dviem zakristijomis, pailginta vidurinė nava, pristatytas rytinis galas su dviem langais didžiajam altoriui. 1878 m., taisant bažnyčios stogą ir vidų, Marijampolės apskrities architektas Valerijus Rybarskis parengė bažnyčios perstatymo projektą: buvo pristatytos koplyčios ir bokštai. Šie rekonstravimo darbai, iš dalies pakeitę visą jos struktūrinį vaizdą, buvo užbaigti 1882 m. ir įgijo kryžiaus planą. 1899 m. pagal Valerijus Rybarskio projektą pastatyta šoninės koplyčia, o 1901–1902 m. – koridorius, jungiantis bažnyčią su vienuolynu. 1939 m. pagal inžinieriaus Pijaus Bielskaus projektą padidinta zakristija ir pristatytas prieangis. Po Antrojo pasaulinio karo koridorius, jungiantis bažnyčią ir vienuolyną, buvo nugriautas, o vienuolyno pastatai nacionalizuoti.
1934-10-24 palaimintojo arkivyskupo Jurgio Matulaičio (1871–1927 m.) palaikai iš Kauno arkikatedros buvo perkelti į Šv. Mykolo Arkangelo bažnyčią, 1987-06-28 perlaidoti į Valdo Vildžiūno sukurtą sarkofagą. Bazilikoje gausu ryškių sakralinę, architektūrinę ir meninę vertę turinčių kūrinių: 7 altoriai, vargonai, klausyklos, sakykla, krikštykla, klauptai, Palaimintojo Jurgio Matulaičio epitafija, vyskupo Antano Karoso antkapinis paminklas, medaliai, paveikslai. Kai kurie kūriniai išlikę nuo XVIII a. vidurio.
Sugriovus Vilkaviškio katedrą, Marijampolės Šv. Arkangelo Mykolo bažnyčiai 1944–1949 m. ir 1989–1998 m. buvo suteiktas prokatedros, 1992 m., atsižvelgiant į bažnyčios istorinę svarbą ir kultūrinio palikimo mastą, jai suteikiamas mažosios bazilikos titulas.