Marijampolės Rygiškių jono gimnazijos muziejus įkurtas 1967 m., pasitinkant senosios Marijampolės gimnazijos šimtmetį.
Tarpukariu buvo puoselėjama idėja įkurti šioje gimnazijoje muziejų: buvo renkama tautosaka, kraštotyrinė medžiaga, tačiau viskas kas buvo surinkta Antrojo pasaulinio karo metu pradingo ar buvo sunaikinta. Pokaryje muziejaus sukūrimo idėją pradėjo puoselėti lietuvių kalbos mokytojas Jonas Kvederaitis. 1965 m. šį darbą perėmė mokytojas Vincas Peckus: buvo surinkti eksponatai, parengta ekspozicija. Muziejui skirtose patalpose, XIX a. buvo aktų salė, vėliau – pravoslavų koplyčia. Šiuo metu pagrindinį muziejaus fondą sudaro beveik 4000 eksponatų, o pagalbinį – 3000 eksponatų. Muziejus per metus sulaukia 2300 lankytojų, įvyksta apie 60 edukacinių užsiėmimų.
Dabartinė muziejaus vedėja Judita Zubavičienė kalbėdama apie muziejų sako: „Šiandien šis muziejus – gimnazijos širdis, Sūduvos ir visos Lietuvos istorijos ir kultūros atspindys. Čia apsilankyti verta, nes čia atrasite savo šaknis, paliudysite savo tapatybę".